菌落作為微粒會按空氣的方向和速度運動，因此控制氣流的形式具有重要的意義，氣流的控制應該是兩個層次的：一個是總體的，一個是局部的。總體控制即控制手術部內各房間，即手術室和其相鄰的房間之間的運動。氣流要依手術部的布置而設計，有一個重要的原則是：氣流要從最潔凈的房間流向次潔凈的房間，因此氣流必須由手術室流向潔凈走道,確保污染物不會入侵,按實際經驗, I級潔凈手術室應保持25Pa正壓, II級潔凈手術室應保持20Pa正壓, III級潔凈手術室應保持15Pa正壓, IV級潔凈手術室應保持10Pa正壓,潔凈走道應保持5~10Pa正壓,當手術室需要負壓時應單獨設計,建議安裝壓差傳感器以控制手術室內的壓差,手術室的地板,墻身,天花板門都必須絕對密封,特殊手術室也可按正負壓轉換設計,當發生醫療事故時,可馬上將手術室由正壓轉為負壓,避免污染室外環境。

考慮到潔凈手術部的保障體系特點和我國國情,對于凈化空調系統, 我國的《醫院潔凈手術部建設標準》強調：
（1）I,II級潔凈手術室采用獨立設置的凈化空調機組,III,IV級潔凈手術室允許2~3間合用1個系統。
（2）手術部中的潔凈手術室與輔助用房分開設置空調系統。
（3）應設置獨立的新風系統。
（4）整個手術部應始終處于受控狀態,不能因某個手術室停開而影響整個手術部有序的梯度壓力分布,否則會破壞各室之間的正壓氣流的定向流動,引起交叉感染或污染室內環境。